Самостоятельная деятельность железнодорожных пассажирских перевозок в Казахстане образовалась 14 июля 1998 года путем создания в структуре республиканского государственного предприятия «Қазақстан темір жолы» дочернего государственного предприятия «Пассажирские перевозки».
В 2002 году на базе государственного предприятия было создано акционерное общество «Пассажирские перевозки».
В 2004 году произведена реструктуризация обеспечивающей и сервисной деятельности.
25 декабря 2004 года Постановлением Правительства Республики Казахстан АО «Пассажирские перевозки» присвоен статус Национального перевозчика.
В настоящее время в структуру АО «Пассажирские перевозки» входят 4 филиала - «Южный», «Западный», «Северный» и «Экспресс» и 2 дочерние компании (АО «Пригородные перевозки», АО «Вагонсервис»), со 100%-ным участием.